1.船舶优先权产生在前，抵押权已登记的情形。原则上应以“时间在前者，权利较强”的原则决定两者顺位。但因优先权中一般多奉行“后来居上原则”，或许有人会问，如果一优先权在前发生，抵押权随后，其后又产生种类同于先船舶优先权之优先权时，该如何处理?是否会出现循环的状况?事实上，这种怀疑忽略这样一个事实，即法律上适于“后来居上原则”的优先权相当有限，并有严格的条件限制，且不是任何一种船舶优先权都有此特质。之所以准后来者居上，虽存在财产说与利益说之争，但这种安排的主要目的是对后发生的优先权对该海产及前权利保全作用的考虑，这从法律对数项海难救助款项给付请求权的顺位规定不难看出。其它国家及地区的立法，对于此种优先权也往往有所限制，如我国台湾地区海商法就将后来居上之优先权明确限定为第24条第三款之“为救助及捞救所负之费用及报酬及船舶对共同海损之分担额”及第五款之“船长在船籍港外依其职权为保存船舶或继续航行之实在需要所为之行为，或契约所生之债权”。显然，此类债权更似于共益费用，其不但对海产有保全功能，对前已发生的抵押权已是有所保障的，所以，即便赋予此类后生优先权优先于已登记抵押权之顺位，非但与次序安排之宗旨不冲突，而且较好贯彻了立法目的。

　　2.船舶抵押权发生在前，但未登记的情况。物权领域，不动产依登记而公示，动产依占有为公示，但对不动产化的船舶抵押权，一般各国则较一致的采用了登记公示主义，具体方面则有所不同，有的采登记对抗主义，而有的采用登记要件主义。我国法的规定较为特别，依担保法第41条及第42条，对船舶抵押权似采用登记要件主义，而依我国海商法第13条“未经登记，不得对抗第三人”则又似采登记对抗主义，二法似有冲突，海商法92年颁布担保法95年实行，从时间上看，似应依新法优于旧法处理，但因船舶抵押权较之担保法中一般抵押权之规定，实为特别对一般的关系，应依特别优于一般作决。这一点从担保法第95条可知。因此，未登记抵押权发生在前，二者顺位如何与对海商法第13条的理解休戚相关，事实上理论界说方面，学者仁智互见，各执一词。有人认为，此第三人为包括其他物权人及债权人在内的所有当事人外之人，因此，“在登记的船舶抵押权担保的债权得到清偿后，如有余款，则应首先清偿除未登记的船舶抵押权之外的一般债权，然后，再根据担保法的规定，清偿未登记的抵押权”[2]，这种认识试图对第13条作一完满解释，但实际上，其逻辑显值考量：其一，抵押权顺位如此安排，其还是物权否?若是，为何连物权最基本的对抗力都无，更何以连债权都无法对抗?若否，其为何等权利?若是债权，依是说解释，缘何其仍要背弃债权平等原则而后于无担保的债权?另外，用语上为什么还要称为抵押权?其二，是说并不否认一船舶上可存在数担保物权，但当存在数个未登记的抵押权时，其关系如何?是说并未说明，依海商法似应依担保法的规定处理，但由于担保法对船舶抵押权明确规定采登记要件主义，对多个未登记船舶抵押权间应如何清偿，是未予明确的，因此，“再根据担保法的规定，清偿未登记的抵押权” 用语指向不明，存在矛盾;其三，船舶抵押权未登记不得对抗第三人，但是否连恶意第三人都不得对抗?是说对此亦未明确否认。但如果连恶意之第三人都可先于未登记的抵押权人，就不得不使人怀疑海商法真是为“抵押人与后顺位的抵押权人恶意串通损害先设定的抵押权人的利益提供了法律依据”。与上说不同之观点，亦为多数学者之认识，认为应对第三人范围作严格限制，具体如何限制，则有所不同，通说认为该第三人应为对主张欠缺登记有正当利益的人，背信的恶意者是被排除在外的[3]。事实上，依民法之基本原理，物权优先债权，并无异议，所谓对抗更应以权利间存在竞争为前提，若权利人间无利害关系，自无对抗之必要，因此，担保法第43条及海商法第13条中的第三人，应界定为对同一标的享有正当物权利益之第三人。有必要说明的是，抵押权无论登记与否，如果其产生系出于当事人之恶意，它是不得向善意第三人主张优先利益的，此为禁止权利滥用之当然内容。明确前述问题，未登记的船舶抵押权发生在前的情况下，鉴于“如果应该进行登记的人有条件登记而没有登记，就会使自己处于相对不利的地位”，它一般是不得对抗后发生的船舶优先权的。但后发生的优先权人出于恶意时，未登记的抵押权人仍可对该优先权人主张优先利益。