仲裁协议的有效解释原则，是以仲裁协议的独立性为其理论基础的。仲裁协议的独立性理论或者仲裁条款自治理论，在于将一个包括仲裁协议或者仲裁条款的合同，视为由两个相对独立的合同构成的整体，其中一个为实体性质的合同，即约定当事人双方民事实体方面的权利义务等，与此相对应的是合同实体法;另一个为程序性质的合同，即形式上表现为仲裁协议或者仲裁条款，与此相对应的是合同程序法。仲裁协议的独立性理论集中到一点，就是合同未成立、或者成立以后未生效或者被撤销的，不应当影响仲裁协议或者仲裁条款的有效性。

　　仲裁协议的独立性不仅有理论基础，而且有明确的法律依据。根据我国仲裁法第5条关于“当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外”的规定，当事人之间存在着解决争议的仲裁协议，而一方当事人又将其争议提请人民法院通过诉讼解决的，人民法院应当不予受理。据此，一项有效的仲裁协议可以排除人民法院的司法管辖权。更能体现仲裁协议独立性的是仲裁法第19条第1款的规定：“仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。”同时合同法第57条也明确规定：“合同无效，被撤销或者终止的，不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力。”

　　从世界各国仲裁立法例、有关国际公约以及司法实践来看，仲裁条款独立于实体合同是一个普遍的规则。《承认及执行外国仲裁裁决公约》(又称《纽约公约》)第2条第三款亦规定：“当事人就诉讼事项订有本条所称之协定者(即仲裁协议)，缔约国法院受理诉讼时应依当事人一方之请求，命当事人提交仲裁，但前述协定经法院认定无效、失效或不能实行者不在此限。”而我国是《纽约公约》的缔约国之一。

　　仲裁协议依法订立，对当事人双方即具有法律效力，人民法院也要充分尊重。一方当事人无视仲裁协议而直接向人民法院提起诉讼的，另一方当事人有权依据该仲裁协议请求人民法院不予受理或者终止司法程序，将有关争议交由仲裁机构裁决。仲裁协议范围内的事项所发生的争议不得以诉讼方式加以解决，国内仲裁如此，涉外仲裁亦然。民事诉讼法第257条规定：“涉外经济贸易、运输和海事中发生的纠纷，当事人在合同中订有仲裁条款或者事后达成书面仲裁协议，提交中华人民共和国涉外仲裁机构或者其他仲裁机构仲裁的，当事人不得向人民法院起诉。当事人在合同中没有订有仲裁条款或者事后没有达成书面仲裁协议的，可以向人民法院起诉。”