判决书的说理部分系判决的灵魂，是充分展示法官的办案思路，依据法律规定和精神，运用逻辑推理和生活经验，根据证据规则阐述论证的“平台”。针对行政诉讼的特点，行政判决书的说理部分，应仅仅围着被诉具体行政行为的合法性及当事人的诉辩理由展开论证。需要指出的是，行政判决书与民事判决书在说理部分还有一点不同，即它不受当事人的诉讼请求的限制，对当事人没有提到的理由只要与被诉具体行政行为合法性有关的问题，也需要进行论证。

　　由于行政判决的方式不同，对不同方式的判决，在说理部分侧重也就有所不同。

　　维持判决和确认合法判决的说理问题

　　一般维持判决和确认合法判决，在说理部分要从被告具有行政执法主体资格，实施被诉具体行政行为符合法定程序的要求，认定事实主要证据确凿，适用法律规范正确等有关合法性问题进行全面论述。但重点应当放在当事人争议的焦点问题上，对当事人没有争议的问题或者不是本案重点审理的问题，可以一带而过，从而突出重点。如果当事人争议的焦点不属于合法性审查的范围，可以点到为止，不必展开论述。

　　对被诉具体行政行为适用规章或规章以下规范性文件的，原告或者第三人对这些规范性文件的效力提出异议的，说理部分应当从法理上阐明这些规范性文件与上位法相一致，其具有法律效力，法院予以参照或者参考。在审理涉及世界贸易组织规则的案件中，发现我国国内法规定较为模糊的，法官选择一个更接近国际条约的解释来适用的，在行政判决书的说理部分，必须从法理上对国内法和国际条约及有关解释进行论述，不能不加论述直接引用有关解释。

　　撤销判决和确认违法或无效判决的说理问题

　　根据行政诉讼法和有关司法解释的规定，人民法院经审理认定被诉具体行政行为具有主要证据不足、适用法律法规错误、违反法定程序、超越职权等情形之一的，可以判决撤销或者部分撤被诉具体行政行为，或确认被诉具体行政行为违法、无效，并判决被告重新作出具体行政行为或者采取补救措施。对采取这两种判决形式的行政判决书，在说理部分必须要有针对性，对被诉具体行政行为的违法问题和当事人争议的焦点问题进行充分地分析和论述，其他问题可以不提。但对部分维持部分撤销的案件，对维持部分有关合法性的问题亦要全面论述。对判决撤销并令被告重新作出具体行政行为的判决，在说理部分应当指出重新作出具体行政行为的方向，避免被告再犯其他错误;对确认违法，同时责令采取补救措施的判决，在说理部分应当论证被告为什么应采取的补救措施，及可以采取那些补救措施，从而防止被告消极不履行其应当尽到的职责或义务，使原告或者第三人的合法权益能够充分得到保护。