司法赔偿是指司法机关及其工作人员在行使侦查权、检察权、审判权和监狱管理职权时违法给无辜的公民、法人和其他组织的生命健康自由和财产造成损害的，国家应当承担赔偿责任。
它的特点表现在以下几个方面：第一，司法赔偿的侵权行为主体是司法机关及其工作人员。主要包括，行使侦查的公安机关、国家安全机关、军队保卫部门及其工作人员，行使检察权的人民检察院及其工作人员，行使审判权的人民法院及其工作人员，行使监狱管理职权的机关及其工作人员。第二，司法赔偿的原因是司法机关及其工作人员在司法活动中违法行使司法权，侵害了公民、法人和其他组织的合法权益。第三，司法赔偿实行有限赔偿原则，范围比较窄。第四，司法赔偿不是以诉讼程序进行的，包括侵权机关和侵权行为人所在机关自己确认行为违法并赔偿的程序，上级机关对赔偿复议的程序，人民法院赔偿委员会对赔偿的决定程序。
司法赔偿与行政赔偿都属于国家赔偿的范围，许多方面都是一致的，但也存在许多区别：首先，实施侵权行为的主体不同。行政赔偿中，侵权行为的主体是国家行政机关及其工作人员；司法赔偿中，其主体是司法机关及其工作人员。其次，实施的时间不同。行政侵权行为发生在行政管理过程中；司法侵权行为发生在从侦查到监狱管理等一系列活动中。再次，追偿条件不同。行政追偿的条件是行政机关及其工作人员在行使职权中有故意或者重大过失，具有明显的主观性；而司法追偿的条件是司法机关工作人员实施刑讯逼供殴打和以其他暴力方式伤害公民，违法使用武器和警械伤害他人，或者审理案件中有贪污贿赂徇私舞弊枉法裁判行为。相比之下，司法追偿的范围要比行政赔偿范围窄。最后，二者程序不同，行政赔偿和司法赔偿的具体程序在法律规定中是不一致的。
例如，公安机关的双重职能就可以体现行政赔偿与司法赔偿的区别。公安机关在履行治安管理职能的过程中行使行政权，如果违法侵害他人合法权益，就会产生行政赔偿责任；如果在履行刑事侦查职能的过程中违法侵害他人合法权益的，只可能产生司法赔偿的责任。