我国《海商法》和《担保法》有关船舶登记效力的“双轨制”问题究其实质应为船舶抵押权登记物权公示的效力问题。由于船舶的高价值性和对国民经济的重要作用，各国通常圴 将其作为拟制.不动产进行管理和规范。而对于不动产物权登记的效力，各国主要看两种不同的立法例。一为意思主义或登记对抗主义，即信奉意思自治，采公示为对抗要件当事人之间缔结合同便可使成立，虽不要求登记，但经过登记的抵押合同其抵押权具有对抗第三人的效力。在物权效力上更为完满;二为形式丰义或登记成立主义，即采登记为生效要件，抵押权的成立仅有当事人之间的合意尚为不够。还需有形式要件的要求，即须在登记机关进行，相应的登记注册后抵押权方为成立。

　　我国关予船舶抵押权登记效力的规定，根据《海商法》第13条第1款，显然是登记对抗主义的规定，以登记为对抗要件。但是，依据《担保法》第41条和第42条第1款第3项的规定，当事人以航空器、船舶、车辆抵押的，应当办理抵押物登记;抵押合同自登记之日起生效，即《担保法》对船舶抵押权登记的效力适用的却是登记成立主义：以登记为成立和生效要件：对于船舶抵押登记的效力在我国《海商法》与《担保法》中采用了两种不同的法律制度，无怪乎有学者将之形象地称为船舶抵押权登记效力问题上的“双轨制”。那么，这种法律问的冲突应如何理解和解决呢?

　　在我国海事司法审判实践中，司法者往往仅从法律适用的角度出发;根据特别法优于一般法的规则，将《海商法》意义上的船舶，而将20总吨以下的船舶划分为二类船舶，对于一类船舶抵押权登记的效力适用《海商法》的规定，即适用登记对抗，而对二类船舶抵押权登记的效力适用《担保法》所规定的登记生效，并进而据此认为我国在船舶效力的问题上，《海商法》与《担保法》的规定并不冲突。

　　但是，这种一厢情愿法律适用问题的表面解决，却不能掩盖因此而产生的一个难以解释的逻辑错误。“由于登记对抗制最大的优点在于程序简便，只进行形式审查，有利于促进交易的灵活进行，而登记生效制最犬的优点在于。必须进行实质审查，以便于保障交易之安全。但依上述法律适用特别法优于-般法之原则，以海船(一类船舶)设定船舶抵押权;不登记仅不能对抗第三人，而以小船(二类船舶)设定船舶抵押权，不登记则其抵押权不能生效，如此以来，不得不使人推断法律对民事权益的保护竟然是取小舍大———即对手以财产价值小的船舶进行抵押，法律的规定比以财产价值大的船舶设定抵押要求更为严格。