海关是实行垂直领导的行政机关。一般情形下，海关及其工作人员行使行政职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该海关为赔偿义务机关。两个以上海关共同行使职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，共同行使行政职权的海关为共同赔偿义务机关。海关委托其他组织、个人行使职权导致行政赔偿的，委托的海关是赔偿义务机关。海关依法设立的派出机构行使行政职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，由于海关派出机构本身不具有一级海关的行政主体地位，因此不能成为国家赔偿的主体，而应由设立该派出机构的海关作为赔偿义务机关。经过行政复议的，最初造成侵权行为的海关应当作为赔偿义务机关；如果复议机关的复议决定加重损害的，复议机关对加重的部分履行赔偿义务。