司法赔偿的请求和解决方式比较特殊，它不是通过向人民法院起诉进行的。具体来说，可以分为三个程序：
第一，违法行为确认程序。赔偿请求人向赔偿义务机关提出请求，义务机关诊法对其违法行为进行确认，并作出赔偿。司法行为违法的确认是提出司法赔偿的前提。《国家赔偿法》第15、16条规定了司法行为违法的具体情形，赔偿义务机关接受赔偿请求后进行审查，在收到申请之日起2个月内，对于符合法定赔偿条件的，可以依法就赔偿方式和数额与申请人进行协商，协商不成的也可单方面作出处理决定。
第二，司法赔偿复议程序。申请人如果对上述裁决不服或未达成协议的，有权向赔偿义务机关的上一级机关提出复议申请，由复议机关进行审查并在收到申请之日起 2个月内作出处理决定。此程序仅适用于公安机关安全机关和监狱管理机关作出义务机关的情况，对人民法院作为赔偿义务机关的情形则不适用。
第三。司法赔偿决定程序。中级以上人民法院设立赔偿委员会，负责司法赔偿问题的最终解决。复议机关逾期不作出复议决定或者受害人对复议决定不服的，应当向与复议机关同级的人民法院赔偿委员会提出申请。赔偿委员根据不同的情形可以作出维持决定、撤销决定、变更决定、赔偿决定或不予赔偿的决定。